A Copa do Brasil de 2025 teve todos os classificados para a terceira fase definidos. Ao todo, 32 clubes vão jogar esta fase da competição. Nesta etapa do torneio, os times que conquistaram vaga de forma direta entram na disputa, como é o caso das equipes que estão na Libertadores: Botafogo, Palmeiras, Flamengo, São Paulo, Internacional, Fortaleza, e Bahia.
A partir desta etapa, a CBF fará sorteio, ainda sem data divulgada, para definir os confrontos, que devem ocorrer em 30 de abril e 21 de maio — em jogos de ida e volta.
Classificados à 3ª fase da Copa do Brasil 2025
- Aparecidense;
- Atlético-MG;
- Bahia (se classificou para Libertadores via Brasileiro);
- Botafogo (se classificou para Libertadores via Brasileiro);
- Botafogo-PB;
- Brusque;
- Capital-DF;
- Ceará;
- Corinthians (se classificou para Libertadores via Brasileiro);
- CRB (vice-campeão da Copa do Nordeste 2024);
- Criciúma;
- Cruzeiro (9º colocado no Brasileiro);
- Flamengo (campeão da Copa do Brasil 2024);
- Fluminense;
- Fortaleza (se classificou para Libertadores via Brasileiro);
- Grêmio;
- Internacional (se classificou para Libertadores via Brasileiro);
- Maracanã;
- Maringá;
- Náutico;
- Novorizontino;
- Operário-PR;
- Palmeiras (se classificou para Libertadores via Brasileiro);
- Paysandu (campeão da Copa Verde 2024);
- Bragantino;
- Retrô;
- Santos (campeão da Série B do Brasileiro 2024);
- São Paulo (se classificou para Libertadores via Brasileiro);
- Vasco;
- Athletico-PR;
- Vila Nova ;
- CSA .
POTE 1
- Flamengo;
- São Paulo;
- Palmeiras;
- Corinthians;
- Atlético-MG;
- Fluminense;
- Botafogo;
- Fortaleza;
- Grêmio;
- Bahia;
- Internacional;
- Bragantino;
- Vasco;
- Santos;
- Cruzeiro;
- Athletico-PR.
POTE 2
- Ceará;
- Criciúma;
- CRB;
- Operário-PR;
- Botafogo-PB;
- Brusque;
- Novorizontino;
- Paysandu;
- Náutico;
- Aparecidense;
- Retrô;
- Maringá;
- Maracanã;
- Capital-DF;
- CSA;
- Vila Nova.
